Le LESIA est dirigé par une équipe de direction constituée depuis janvier 2019 de :
- Vincent Coudé du Foresto, directeur ;
- Carine Briand, directrice adjointe, en charge plus particulièrement des dossiers :
- Relations avec les tutelles universitaires,
- Étudiants,
- Locaux,
- Hygiène et Sécurité ;
- Anthony Boccaletti, directeur adjoint, en charge plus particulièrement des dossiers :
- Relations avec les agences (ESA, CNES, ESO…),
- Communication externe,
- Communication interne ;
- Tristan Buey, directeur technique, et aussi en charge plus particulièrement des dossiers :
- Nanosatellites,
- Valorisation,
- Contrats industriels ;
- Pascal Maytraud (depuis le 16 septembre 2021), administrateur du laboratoire, remplissant également le rôle de :
- Secrétaire général,
- Chef du personnel.
La coordination des équipes et le dialogue avec la Direction est assurée via une organisation des personnels en pôles.
On compte ainsi 4 pôles scientifiques :
- Étoile (coordinateur : Benoît Mosser)
- Haute résolution angulaire en astrophysique (HRAA) (coordinateur : Thibaut Paumard)
- Héliosphère et Plasmas Astrophysiques (HPA) (coordinateurs : Baptiste Cecconi et Arnaud Zaslavsky)
- Planétologie (coordinateurs : Nicolas Biver et Sonia Fornasier)
ainsi que les pôles :
Il existe ainsi une structure de direction élargie regroupant la direction du laboratoire et les coordinateurs de pôles et permettant d’assurer un pilotage concerté du laboratoire.

- Organigramme général du LESIA
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